主要区别如下:旗舰店:商家以自己的品牌入驻淘宝商城,开的店叫 官方旗舰店 。加盟店:企业在淘宝商城的同一类目下经营多个(至少两个)品牌,这类店铺称为 加盟店 。

旗舰店:一个商家带着自己的品牌进入淘宝商城,开的店叫品牌 官方旗舰店 。
加盟店:企业在淘宝商城的同一类目下经营多个(至少两个)品牌,这类店铺称为 加盟店 。
2.商业实体的差异。
旗舰店:自有品牌企业(品牌必须是申请开店的企业所有或企业法定代表人所有)。
加盟店:在中国大陆注册的企业法人。
3.业务范围的差异

加盟店没有明确界定。
4、品牌资质的差异
旗舰店:国家商标局出具的商标注册证或者商标受理通知书,也就是说需要注册商标。
加盟店:自有品牌和其他品牌。
自有品牌的,提供国家商标局出具的《商标注册证》或《商标受理通知书》。
别人的品牌需要提供完整的委托书(即商家提供的委托书可以一步步推回品牌商);品牌持有人的商标注册证;如果商家不能提供对自己品牌的逐级授权,也可以提供供应商出具的正规渠道证明;品牌持有人的商标注册证等。